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书籍翻译系列数据处理必备R安装 [复制链接]

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书籍翻译

好的书籍是人类进步的阶梯,但有些人却找不到优秀的阶梯,为此我们开设了书籍翻译这个栏目,作为你学习之路的指路明灯;分享国内外优秀书籍,弘扬分享精神,做一个知识的传播者。

希望大家能有所收获!

书籍翻译历史目录⊙引言—关于课程

⊙scRNA-seq简介

⊙scRNA-seq原始数据的质控

⊙scRNA-seq数据处理—文件格式小结

⊙scRNA-seq数据处理—demultiplexing

⊙scRNA-seq数据的处理—STAR

⊙scRNA-seq数据处理—Kallisto

⊙scRNA-seq表达矩阵的构建

R/Bioconductor简介

5.1

安装R包

5.1.1CRAN

ComprehensiveRArchiveNetworkCRAN是R包的最大集合。除了成功构建和安装之外,上传软件包的要求很少,因此文档和支持文件通常都很少,并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。CRAN是R将搜索以查找要安装的软件包的默认存储库:

install.packages("devtools")require("devtools")5.1.2Github

Github并不特定于R,任何类型的代码都可以上传。无法保证上传到github的软件包可以安装。可以使用上面安装的“devtools”软件包直接从github下载和安装R软件包。

devtools::install_github("tallulandrews/M3Drop")

Github也是一个版本控制系统,可以存储任何软件包的多个版本。默认情况下,会安装最新的“主”版本的软件包。如果您想要旧版本或开发分支,可以使用“ref”参数指定:

#differentbranchdevtools::install_github("tallulandrews/M3D",ref="nbumi")#previous

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